Budapesten született, édesapja dr. Werkner Mihály ügyvéd, édesanyja Stern Júlia.
Fodor Károlynál kezdett vívni, de néhány év múlva már Santelli Italo volt a mestere. 1905-ben tűnt fel a gyors, erélyes és szokatlan támadómodorú vívó, szögben adott kézvágásai, mélyről jövő hasvágásai és fej-fej támadásai gyakran védhetetlenek voltak. Energikus vívó volt, aki bízott kitűnő védéseiben és gyors riposztjaiban.
Öt alkalommal szerepelt világversenyem a magyar válogatottban. Tagja volt az 1908. évi londoni és az 1912. évi stockholmi olimpián győztes kardcsapatnak, egyéniben 1908-ban 6. 1912-ben pedig 7. helyezést szerzett. Ötszörös magyar bajnok volt, 1912-14-ig egyéniben nyert, 1913-14-ben csapatban. Sportpályafutását az első világháború kitörése szakította meg.
1914-ben rész vett a Magyar Vívó Szövetség megalapításában, melynek később évekig ügyvezető alelnöke lett. Kiváló zsűri is volt, és nemzetközi fórumokon tekintély, ezért is nevezte el Santelli Pápának, mert mind elméletben, mint gyakorlatban mindent tudott, megfellebbezhetetlen volt. A kortársak szerint megfontolt okossága, szarkazmusa, mindig találó ítélete szinte félelmetes volt.
Ifjú korában pianistának készült, elvégezte a Zeneakadémia művészképzőjét, de apja kérésére gépészmérnöknek is tanult, végül egy nagy vegyi gyárnak lett 23 évig igazgatója, és a gyáriparosok Országos Szövetségének igazgatósági tagja.
1915-ben nősült, felesége Beimel Lily. Két fiuk született, az idősebb, Jenő 1942-ben, 22 éves korában halt meg, János neves orvos lett, 1984-ben hunyt el.
Werkner Lajost 60 éves korában, rövid betegség után (más források szerint autóbalesetben), 1943. november 12-én Budapesten vesztette életét, hamvait a Kozma utcai temetőben őrzik.
(Ferdinandy Györgyi)